vdj recombination

• (aciklamaya baslamadan once belirtmekte yarar gordugum unsurlar: v(d)j recombination seklinde gosterilir genelde ve recombination turkce degil rekombinasyon yazalim diyenler dogru karsiliginin "yeniden birlesme" oldugunun bilincinde olarak bu kavrami da ingilizce haliyle sozlugumuzde kabul etsinler) bir de baslamadan genel olarak bagisiklik sitemi ile ilgili #2687126
  
  omurgalilarda bagisiklik sistemi icin onemli proteinleri kodlayan bazi genlerin degisik kombinasyonlar halinde yeniden birlestirilmesi olayidir. bu islem sayesinde t hucreleri reseptorleri ve bakteri/virus gibi isgalcilerin antijenlerini ve islevinden sapmis hucreleri (bkz: tumor) tanimaya yarayan immunoglobulin tipleri ozgunlugu ve cesitliligi saglanir. bagisiklik sistemi antikorlarimiz heavy (agir) ve light (hafif) iki farkli yapidaki zincirden (chain) olusur. bu zincir yapilar da kendi aralarinda sabit ve degisken iki alt yapiya sahiptir. insan genomunda bu agir ve hafif zincirleri kodlayan genler; 14 numarali kromozomda agir zincir lokusu, 2 numarali kromozomda hafif zinciri olusturan kappa lokusu ve 22 numarali kromozomda yine hafif zincire kaynaklik eden lambda lokusu olmak uzre uc lokusta bulunur. peki bu v(d)j ismi nerden gelmektedir? degisken ve sabit zincirler demistik antikor yapisindaki, iste bunlarin ingilizce karsiliklari kelimelerin ilk harfleri temel alinarak variable (v), diversity (d) ve joining (j) bu kavram anlatilabilir. agir zincirin yapisi icin vdj genleri varken hafif zincir sadece vj genlerinin karilmasi ile elde edilir. sadece agir zincir icin 65 v geni, 27 d geni ve 6 adet de j geni bulundugunu dusunursek, basit bir hesapla 10530 farkli kombinasyon elde ediyoruz, daha hafif zincir hesaba katilmadan. (bkz: yirttik abicim yirttik)
  peki kombinasyonlar nasil yapiliyor? agir zincir icin; gelismekte olan b hucrelerinde birlesme oncelikle d ve j genleri arasinda gerceklesiyor, rekombinasyon mekanizmasi ile aradaki dna dizileri silinip istenen sayidaki ve dizilimdeki d ve j genleri birlestiriliyor. sonraki rekombinasyon ise v-d genleri arasinda gerceklesiyor. sematik olarak aciklamak gerekirse vvvv-dddd-jjjj-c seklinde dizili genlerden olusan genom d-j rekombinasyonu ile vvvv-dd-j-c halini aliyor, bir sonraki basamakta ise vv-dj-c seklinde tekrar duzenlenip gen ifadesi gerceklestiginde elimizde bir adet sabit (constant-c) bir adet baglayici (j) ve degisken zicirden (v-j) olusan bir yapi kaliyor. hangi v,d,j genlerinin cikarildigina bagli olarak da her seferinde kombinasyon degiseceginden cesitlilik elde ediliyor. hafif zincir icin de benzer bir mekanizma gecerli (unutmayalim d geni olmadigi icin ilk rekombinasyon v-j arasinda gerceklesecek).
  ama nasil oluyor da v,d,j genleri rekombine olmalari gerektigini biliyorlar? recombination signal sequence (rss) adi verilen bir dizi v,d,j genlerinin uclarinda yer aliyor, ve spesifik rekombinazlar sayesinde bu sihir gerceklesiyor.
  daha fazla okumak ve aydinlanmak isteyenler icin http://www.ncbi.nlm.nih.gov/…ook=hmg&part=a822#a979