sentetik biyoloji

• sifirdan yeni organizmalar uretme ya da varolan organizmalari degistirmeyi amaclayan, biyolojiye bir muhendislik perspektifiyle bakan disiplin. genetic circuitler ve yapay metabolic pathwayler vasitasiyla istenen amaclara uygun biyolojik fonksiyonlar elde edilmesi planlaniyor. yapay dna sentezi ile daha once hic varolmamis dna kombinasyonlari uretilebilir (bkz: dna printer). insanin tanricilik oynamaya baslamasinin ilk habercisi...
  
  alakali olarak
  (bkz: systems biology)
  
  drew endy sentetik biyolojiyle ilgili, nature da guzel de bir comic yayinlamis, buyrunuz bu da linki:
  http://www.nature.com/…heticbiologycomic/index.html
• sentetik biyoloji yarışması diye bir şey de varmış. insan eliyle genetik koduna müdahale edilerek tasarlanan canlılar kullanılarak bir işlev için kullanılabilen 'makina'ları yarıştırıyormuş bunlar.
  
  2004 yılı yarışmasını kazanan proje 'biyolojik fotoğraf filmi' olmuş. bilin bakalım bu filme ne kaydetmişler: "hello world"
  http://en.wikipedia.org/…ki/image:ut_helloworld.jpg
  
  kendi boyutlarının binlerce misli büyük bir bakış açısında nasıl göründüklerinden büyük ihtimal bihaber olan bu zavallı canlıcıklara baktıkça paranoyak hislerim de kabarıyor. biz insanları keyfine göre kodlayıp eğlenen birinin varolabilme ihtimali... korkunç.
• konu ilen ilgili son bir gelismeye dair wired de cikan bir yazi http://blog.wired.com/…2008/09/biologists-on-t.html
  
  ozetle harvardli bir gurubun yaptigi bir calisma sonucunda cok ilkel ancak dunya uzerinde var olmamais olan yasam formlarinin yaratildigina (pardon yapildigina) dair hadiseden bahsediyor.
  
  ancak, bana sorarsaniz sentetik biyoloji ve veya canlilar canli kelimesi tanimlandiktan sonra tanimlanmasi gereken hedelerdir. ancak bu yapilan hadisenin onemini kucultmemekte.
• sentetik biyolojinin onemli bir diger basarisi da biyo yakitlar konusundadir. doganin biyolojik kutleyi yakita cevirmesi milyonlarca yil surer iken ls9 isimli bir sirketin university of california, berkeley ile birlikte tasarladigi bir bakteri bakteri bu isi cok daha kisa surede basariyormus.
  
  evrimin dizginlerini iyiden iyiye elimize almaya basladigimizi artik dunyada daha onceden var olmamis canlilari, su anda var olan canlilari modifiye ederek uretmeye ve otesinde bu urettigimiz canlilardan verim almaya basladigimizi gosteren guzel bir haber.
  
  bu islem sirasinda modifiye edilen bakteri, bu tarz calismalarda siklikla kullanilan e. coli
  
  zannederim bir sonraki asama gunesten aldigi enerjiyi petrole ceviren bir bakteri turu olacak
  
  kaynakca da verelim tam olsun
  http://www.technologyreview.com/…nergy/24422/page1/
• konu ile ilgili bir belgesel su; synbiosafe
  
  web adresi de bu: http://www.synbiosafe.eu/dvd/synbiosafe.html
  
  trailer de yapmislar: http://vimeo.com/6703395
  
  bana kizmayin bunu bilmem kac dolara satan ben degilim
• bu konudaki en son habere asagidaki adresten ulasabilirsiniz.
  
  http://www.msnbc.msn.com/…42/ns/health-health_care/
• (bkz: sentetik hayat)
• sentetik dna (ve dolayisi ile sentetik canli) dan sonra simdi de sentetik protein yapilmistir, bu gelisme artik elimizdeki milyonlar ile sinirli (?) protein listesinin disina cikip daha farkli proteinleri de (ve dolayisi ile dogada daha once hic gorulmemis proteinleri de) hucre uretim mekanizmasi icinde uretebilecegimizi gostermektedir.
  
  baska bie deyisle once fotokopi makinasini bulduk. (klonlama)
  
  sonra printeri icat ettik. artik ne istersek kendi ellerimiz ile yazabiliyorduk. boylece daha once ornegi olmayan metinler elde etmeyi basardik. (anlamlarini bilmesek de)
  
  simdi de alfabeye yeni harfler katmanin bir yolunu bulduk. dolayisi ile artik elimizdeki printerleri kullanarak cok cok daha cesitli metinler yazabiliriz.
  
  klonlama ile gelismeye baslayan bir surecin patlamasina sahit olmaktayiz
  
  daha detayli bilgileri okudukca haberi yenileyecegim
  
  bu kaynak
  http://www.eurekalert.org/…2011-01/pu-psc010611.php
  
  bu da makale
  http://www.plosone.org/…0.1371/journal.pone.0015364
  
  not: makale herkesin erisimine aciktir.
• sentetik protein uretiminde, uretilen proteinlerin buyuklugu acisindan bir dunya rekoru kirilmis.
  
  vakti zamaninda evrim teorisi basligi altinda bir yazar proteinlerin insanlar tarafindan uretilemeyeceginden ve bu nedenle anlamadigimiz islere bulasmamamiz gerektiginden filan bahsediyor idi. su anda o yazilarin da, o yazarin da yerinde yeller esmekte. ote yandan insan gen haritasinin cikarilmasi ile baslangic tarihi verebilecegimiz sentetik biyoloji devrimi son hiz devam etmekte.
  
  brain machine interfaceleri uretmeye baslamamizdan bu yana 15 yil (son donem bmi calismlarina bir ornek),
  insanin gen haritasini cikarmamizdan bu yana 10 yil,
  kendi tasarladigimiz sentetik dnalari uretip, biyolojik bir sistem icinde calistirmamizdan bu yana 2 yil gecmis.(bkz: #19113288)
  
  simdilerde sentetik kan, sentetik deri, sentetik kas dokusu, sentetik soluk borusu gibi seylerin uretim surecleri konusulmakta.
  
  ote yandan yasamin temel yapitaslari olan proteinlerin sentetik yollar ile uretilmeleri, tarafimizdan modifiye edilmeleri konusunda da her gecen gun sinirlari yeniden belirlemekteyiz. yeni sinirimiz insan tarafindan tasarlanmis dogada kendi basina olmayan bir surec ile (halk arasinda yapay diyoruz) uretilen 242 amino asitlik sentetik bir protein.
  
  peki son sinir nerede, nereye gidiyoruz? valla bir sinir oldugunu zannetmiyorum ama sentetik bir kambriyen patlamasinin yaklastigini gormek zor degil. surec icinde bizim canli soy agacimizdan tamamen bagimsiz bizim ile ortak genleri olmayan tamamen farkli canlilari uretmemiz de olasi.
  
  kopernik devrimine es olarak gordugum cok ama cok buyuk bir devrim yasaniyor dunyada. kendi evrimimizin kontrolunu elmizie alip kendimizi yeniden tasarlayacagimiz bir dunyaya dogru gitmekteyiz. hani yillardir sure gelen bir geyik vardi ya, aya da gitse, galaksiler arasi yolculuk da yapsa insan dogasi, insan dogasidir; yapabileceklerinin degismesi senin degistigin anlamina gelmez diye surup gider... iste artik insan, insan dogasini yeniden tasarlayabilecegini, bu gunku anladigimiz anlamdaki insandan cok daha farkli birseye kendini donusturebilecegini iddia etmekte. bu iddianin dogrulugu ya da yanlisligini zaman gosterecek bekleyip gorelim, belirtmeliyim ki cok beklememiz gerekmeyecegi kanaatindeyim.
  
  bu arada teknik bir ayrintiyi da not olarak duseyim:
  
  bazi sistemlerin nasil calistigini anlamadan, o sistemlere mudahale edip onlari degistirebilecegimiz iddiasi her zaman cok ciddi elestiri alir. ama bu iddianin dogrulugu bu protein calismasi ile bir kez daha ortaya cikti. proteinlerin hangi mekanizamlar ile nasil katlandigini bilmiyoruz ama istedigimiz gibi katlanan proteinler uretebiliyoruz. bu; insanin ilk ucagi bernoulli kuramıni bilmeden ucurmasi gibi tarihi, ya da kola makinesini ic mekanizmasini bilmeden kullanabilmesi gibi siradan bir olgu olsa da; felsefi acidan oldukca ilginc, bilimsel surecler acisindan oldukca onemli.
• igem