prion

• deli dana ve diger bazi ender gorulen hastaliklara sebep olan yanlis katlanmis protein dizileri..bunlar sanildiginin aksine virus degildir..bu distort olmus proteinler beyinde birikerek tum bilinc ve hareket sistemini felc eder, bazi durumlarda olume de yol acar..
• beyin dokusunda proteaza (görece) dirençli veya "scrapie" bir protein varlığı saptandığında; kan, beyin ya da diğer dokulardan çıkarılan dnanın (özellikle) 129. kodonu ya da başka bir kodonunda mutasyon saptandığında (prion tarafından yapılmış olmalı); immunohistokimyasal tahlillerde saptandığında tanısı konabilen,
  
  aşağıdaki hastalıklara neden olduğu bilinen proteincikler.
  
  scrapie: koyunlarda
  tme (transmissible mink encephalopathy): mink
  cwd (chronic wasting disease): katırgeyiği (?) (muledeer), elk geyiği
  bse (bovine spongiform encephalopathy): inekler
  
  insanlarda görülen prionla alakalandırılmış hastalıklar:
  
  cjd: creutzfeld-jacob sendromu
  gss: gerstmann-straussler-scheinker sendromu
  ffi: fatal familial insomnia
  kuru: yeni gine'de, izole olmuş, dietlerinden beyini eksik etmeyen kabilelerde
  alpers sendromu
• hastalıklı formun beni en çok korkutan yanı stabilitesidir.
  
  şimdi laboratuvarda elinizde artık maya olur, mantar olur, bakteri olur, virüs olur neyse, bunlara hacim yetiyorsa alkol eklersiniz çoğu ölür. alkol olmazsa sds eklersiniz, virkon eklersiniz, olmadı çamaşır suyu eklersiniz, geriye canlı/aktif bırakmazlar. ya da olmadı otoklavlarsınız (121 derece, 1 atm, 20 dakika). bunların hepsi gayet genel prosedürlerdir.
  
  ancak bu prionun hastalıklı formu farklı, bu yöntemlerin hiç biri işe yaramıyor. bir şekilde üretmeniz gerekirse ki üzerinde çalışıyorsanız gerekiyor. ortadan kaldırmak çok zor, standardın dışında yöntemler kullanmanız gerekiyor ve bir şekilde size de bulaşırsa hastalığın tedavisi falan yok.
  
  bir şeyin çok tehlikeli olması bir yana, o şeyin neredeyse imha edilemiyor olması bence çok daha korkunç bir şey.
• yeyince nasil olup da sindirmeden saglam halde beynimize ulastigina bi turlu akil erdiremedigim yanlis katlanmis proteinler. yaw bagirsakta o kadar sindirim enzimi var, hadi onlar parcalayamadi, nasi olup da kan dolasimina katilabiliyo bu aletler bagirsak epitelini filan gecip, bilemiyom valla.
• hatalı katlanma nedeniyle normal proteinlerden çok daha dayanıklı olan, bu nedenle gerek sindirim aşamasında gerekse tedavi aşamasında yok edilemeyen hede.
• prionlar bir bakıma cansızlıktan canlılığa geçişteki çizgide kabul edebileceğimiz ve haklarında henüz yeterli bilgiye sahip olmadığımız, yapılarına ve proteazlarla olan ilişkilerine göre fizyolojik ve patojenik sayılabilecek proteinlerdir.
  
  her ne kadar bazılarının fizyolojik fonksiyonları olsa da isimleri aslında "proteinaceous infectious particle"dan, yani "protenli enfeksiyöz parçacık" kavramından kısaltılarak elde edilmiştir ki bu da 80'li yıllara dayanan, göreceli olarak oldukça yeni bir isimlendirmedir.
  
  enfeksiyöz bildiğimiz üzere bulaşıcı anlamına gelir. prionlara enfeksiyöz denmesinin nedeni de kendi yapılarını başka proteinlere de aktarabilme kabiliyetleridir.
  
  prion mekanizması ile ortaya çıkan hastalıklara örnek vermeye kurudan başlayabiliriz.
  
  kuru hastalığı ölü insanları böceklere yem etmektense (bunu ölüye yapılan bir saygısızlık olarak görüyorlar) yemeyi ritüel edinmiş yamyam bir papua new guinea kabilesinde sık görülmüş bir patolojidir. "kanibalizm etik sebepler dışında bir problem yaratabilir mi?" sorusunun yanıtını da bu kabilede bulmak mümkündür. tabii kafanızda "yeterince pişirirsek hayvan etinden niye farklı olsun ki?" şeklinde sorular belirebilir, bu noktada mikroorganizmaların aksine zaten canlı olmayan bir şeyi pişirerek öldüremeyeceğinizi de belirtmekte fayda olacaktır.
  
  what is dead may never die!!!
  
  prionların yapılarını başka proteinlere de aktarabildiğini söylemiştik. kuru hastalığında prionlar etraflarındaki protein moleküllerini de kendi patojenik şekillerine sokarak yayılırlar. bu mekanizmanın sonucunda da nörodejeneratif hastalıklar ortaya çıkar. patofizyolojisi benzer olan hastalıklara örnek olarak creutzfeldt jakob, deli dana hastalığı, scrapie veya ölümcül insomnia verilebilir. bu tür durumları ortaya çıkaran prionlar literatürde kısaca prpsc olarak geçerler. (açılımı: scrapie isoform of the prion protein)
  
  normal koşullarda, yanlış katlanmış proteinlerin hakkından proteaz ile gelinebileceği düşünülebilir. patojenik prionlar ise proteaza karşı direnç geliştirdiğinden fizyolojik mekanizmalarla sistemden elimine edilemezler.
  
  yazının başında prionları tanımlarken "yapılarına ve proteazlarla olan ilişkilerine göre fizyolojik ve patojenik sayılabilecek proteinlerdir" demiştik.
  
  yanlış katlanan patojeniklerden (prpsc) az çok söz ettik, peki fizyolojik fonksiyonları olan ve normal katlanan prpc (açılımı: cellular prion protein) moleküllerinin görevi tam olarak nedir ve yapısal olarak bu proteinlerin patojeniklerden farkları nelerdir?
  
  şekil a
  
  şekilde patojenikte oransal olarak beta sheetlerin olması gerekenden çok daha fazla olduğunu söyleyebiliriz. yapısal olarak temel farkı burada görürüz.
  
  işlevsel bağlamda ise normal katlanan prionların dahil oldukları mekanizmalar hâlâ tartışma konusu olmakla beraber bu tür proteinlerin pek çok normal vücut fonksiyonunda aktif rol oynadığı artık bilinmektedir.
  
  bana kalırsa bunlardan en ilginci de hafızanın oluşumudur.
  
  özellikle de zihin felsefesi ile ilgilenen bir materyalistseniz (bkz: zihin felsefesi/@highpriestess) prion modifikasyonlarının hafızayı oluşturken farklı dizilimlerle farklı zihinsel durumları tanımlamakta rol oynuyor olabileceği fikri ilginizi çekebilir.
• bir proteinden diğerine doğrudan herhangi bir eşleyici (dna gibi) olmadan bilgi iletimini gerçekleştiren protein grubu.
  
  bu arkadaşlar herhangi bir dna eşleyici sınıfına girmediği gibi virüslerden de farklı bir sabstrata sahipler.
  
  peki eşleyici dna olmadan kendilerini nasıl eşleyebiliyorlar?
  bir katalizör yardımıyla.
  aynı sınıftaki başka bir molekülle basitçe temasa geçerek molekülün kendi şekillerini almasını sağlıyorlar.
  
  bu arkadaşlar genler harici kalıtım sağlayabildikleri için kendilerini bulan stanley prusiner'e nobel ödülü kazandırmışlardır.
  
  protein parçacıklarının iletimi ile bulaşıcı hastalığa (deli dana hastalığı) neden olan prionlar tıpkı proteinler gibi bir ip üzerindeki boncuklar gibi dizilmiş amino asitlerden oluşmuş proteinlerdir.
  proteinlerin hücre mekanizmalarının her defasında bir amino asiti bir araya getirmelerinin ardından sahip oldukları doğrusal diziler, kıvrılarak üç boyutlu kararlı yapılar haline dönüşürler. bu kıvrımlanma büyüyen molekül dizisinin farklı bölgeleri arasındaki elektrokimyasal bağların oluşmasıyla yönetilir. yanlış kıvrılma sonucu oluşan prionlar bu şekilde proteinlerden ayrılırlar. ve organizmada karşılaştığı diğer proteinleri de kendilerine benzetir ve ilgili proteinin de kendisi gibi yanlış kıvrılmasına yol açar ve onun da bir prion haline dönüşmesine yol açar. böylece kendini eşler. bilgi proteindeki amino asit dizilişi ile değil tamamen aldığı anormal şekil ile iletilmiş olur.
  
  aslında, prion eşlemesi evrim sürecinin gerektirdiği tüm standart özellikleri taşır. dnasız kalıtımı gerçekleştirebildikleri için bir konakçıdan diğerine geçerken (danadan insana geçiş) de çoğalırlar. bu haliyle virüs (dna veya rnaya sahip) gibi hızlı geçiyorlar denilebilir.
  
  peki organizmalarda doğal olarak bulunabilirler mi?
  görünüşe göre cevap evet. maya da dahil olmak üzere tüm omurgalıların genomunda doğal olarak bulunan ve vücutlarındaki çoğu dokuda kendini gösteren bir gene karşılık gelen bir proteindir prionlar. birçok türü de bulunmaktadır.
  
  prionlar sınırlı eşleyicilerdir; her prion yalnızca birkaç farklı şekli benimser.
  
  doğal seçilim prionlar arasında da işler. yavaş eşlenen prionlar, diğerleri tarafından kolayca mağlup edilebilirler.
  
  tersinir yapıdadırlar. bu ne demektir?
  prionlar, bir proteini kodlayan gene zarar vermedeb proteinin şeklini ve fonksiyonunu değiştirebildiği için protein, normal ve bulaşıcı anormal formu arasında gidip gelebilir.
  
  ve burası önemli!!!
  prionlar, organizmanın çevresel değişikliklere tepki vermesini ve bu değişiklikleri gelecek kuşaklara aktarmasını sağlarlar (bkz: epigenetik kalıtım). (bkz: #121507020)
  
  mutasyon gibi süreçlerle ortaya çıkabilirler. proteindeki bir kıvrımlanma hatası priona dönüşmeye neden olabilir. başka etkenlerle de tetiklenebilir. bir konakçıdaki iki molekülün teması sonucu fenotipik olarak da kalıtılabilirler. yine benzer şekilde bir konakçıdan diğerine tüketilme vb yollarla göç edebilir.
  
  genlerden farklı olarak farklı yollarla kendilerini eşleyedikleri için farklı bir kalıtım yolu sunmaları bakımından çok önemlilerdir.
• prionlar dokuyla bulaşır. yemekle yada transplantasyonla bulaşır.
  
  prionu öldürmek için önce saatlerce çamaşır suyunda tutarız sonra da saatlerce otoklavda tutarız.
• proteinler, belirli bir sırada peşpeşe birbirlerine eklenen amino asitlerden meydana gelen zincirlerden oluşur. fakat bu kimlik belirlemede proteinleri oluşturan amino asitlerin dışında bir özellik daha vardır; " proteinin üç boyutlu yapısının katlanma biçimi. "
  
  bu katlanma biçimi proteinlerin işlevini belirler. canlıların yaşamal süreçleri içerisinde tüm proteinlerin amino asit dizilimi ve üç boyutlu katlanma biçimi de bellidir eğer ki bu dizilişte ve katlanma biçiminde bir problem olursa protein asli görevini yerine getiremez bazen öyle bir hal alır ki organizmanın sağlığını tehlikeye sokar.
  
  işte bu yanlış katlanmış proteinlere prion adını veriyoruz.
  
  (bkz: creutzfeldt jacob hastalığı)
• bu isim ilk kez stanley prusiner tarafından proteinaceous infectious agent ın kısaltılmışı olarak kullanılmıştır. ilk sözcüğün ilk iki harfi (pr) ve ikinci sözcüğün baş harfi (i) ile birlikte fizikte parçacıkları (proton, nötron, elektron...) tanımlamak için kullanılan ek (on) prion sözcüğünü oluşturur. stanley b. prusiner, prionlar üzerine çalışmalarından dolayı 1997 yılında tıp alanında nobel ödülüne layık görülmüştür.