dna methylation

• cok turkce olduguna inaniyorsaniz ayrica http://tr.wikipedia.org/wiki/dna_metilasyonu linkinden (bkz: dna metilasyonu). tanima gelince:
  sitozin (bkz: cytosine) bazinin besinci karbonuna veya adenin(bkz: adenine) bazinin altinci pozisyon azotuna metil(bkz: methyl) grubu eklenmesi ile olusan bir dna modifikasyonu. bu modifikasyonun biyolojik bir olgu olarak gorevleri ise:
  
  1. memelilerde cpg (guanin onunde bulunan sitozinin metillenmesi) pozisyonunda gerceklesir. anne veya babadan gelen farkli allel uzerinden kalitimda (bkz: genomic imprinting), x kromozomu kapatilmasinda (bkz: x chromosome inactivation), embryolojic gelisim esnasinda gen ifadesi kontrolunde ve dna'daki tekrar eden dizilerin kapatilip kanserin bastirilmasinda onemli roller oynar. virus kaynakli tekrar eden dna dizilerinin sitozin bazinin metillenmesi uzerine susturulmasi ile bu isgalci bencil parcalar (bkz: transpozon) uyutulur ve genomumuz tek parca ve akli selim kalir. yakin tarihte yapilan bir calismada gosterildigi uzre transpozonlarin genel bir bekcisi vardir (bkz: kap1). pmid: 20075919 (makaleyi isteyene/ilgilene gonderebilirim)
  
  2. bitkilerde yogunlukla arabidopsis thaliana calismalarinda goruldugu uzre sadece cpg pozisyonunda degil, cpnpg (sitozin herhangi bir baz ve guanin dizilimi) ve cpnpn (sitozin sonrasi guanin haric herhangi bir baz dizilimi) hallerinde de gorulur. son gelismelerle en carpici onemi poleni cevreleyen kutup hucrelerindeki transpozonlarin dogru zamanda susturulup dogru zamanda aktiflestirilmesi uzerine kucuk rna kontrol sistemi ile polendeki gelisimi ve gen ifadesini kontroludur. pmid: 19203581 (makaleyi isteyene/ilgilene gonderebilirim)
  
  3. mantarlarda cok yogun olarak gorulmemekle birlikte gen ifadesinin kontrolunde rol aldigina dair bir takim veriler mevcuttur.
  
  4. bakterilerde sitozin veya adenin bazindaki modifikasyonla saglanir. bakteri bagisiklik sisteminin temel tasidir. bakteriler kendi genomlarini ele gecirmeye calisan virus parcaciklarina karsi restriction enzyme dedigimiz bir cesit silahla donatilmislardir. bu evrimsel olgu sayesinde, istilaci dnayi parca parca ederlerken kendi susturulmus dnalari zarar gormez.
  
  dna metilasyonunun tespit edilmesi icin bircok yontem vardir. bunlar amaclarina gore global veya spesifik (ozgu) diye iki gruptadirlar. global olanlar chip on chip (chromatin immunoprecipitation followed by hybridization on microarray chips) veya chip-seq (bkz: next generation sequencing) ve southern blotgibi tekniklerdir. spesifik olarak da kimyasal bir reaksiyon (sodium bisulfite treatment) ardindan spesifik oligolar yardimi ile pcr yapilabilir. mass spectroscopy ile analizini yapan bir grup bilim insani biliyorum. burada bahsettigim kisitli analiz teknikleri disinda birkac yontem daha vardir, ihtiyaci olanlar sahsimla irtibata gecip yardim ve gorus alabilirler. (ozellikle southern blot ve bisulfite sequencing konusunda yardimci olabilirim, an itibari ile de retrovirus siniflarinin bir tanesine spesifik ama global profilli bir yontem gelistirmekteyim, bu konuda da fikir sahibi olanlarin yardimlarina acigim).
• sineklerde yoktur.
• sineklerde memelilere kiyasla yapilan calismalarda rastlanmamistir ancak; son calismalar cercevesinde sineklerde de (gelisim esnasinda) bazal seviyede bulunabilecegi belirtilen dna modifikasyonu. (vatandasi kandirmaya utanmiyor musun k mno4 ?)
• sinekte vardir diyen yalan soyler. varsa da bilemeyiz.