crispr

• ks. clustered regularly interspaced short palindromic repeats.
  
  prokaryotik bagisiklik sistemi olarak calisan tekrarlayan dna dizileri kumeleri (bizlerdeki bagisiklik sistemini saglayan dna kumelerine ise suradan bakiniz: #18766716). dis etken kalitsal materyallere karsi korunma saglayan crispr, bir cesit edinilmis bagisiklik sunar. ilk olarak 1987 yilinda e coli'de tanimlanan bu sistem, cas isimli enzimleri sayesinde konak canliya yabanci dna dizilerine ozgun islem yapar. hatta virusune gore her prokaryotik turde beraber evrimlesmis dna dizileri ve cas enzim mekanizmalari oldugu dusunulmektedir.
  
  2012 yilinda bu mekanizmayi bir arac olarak kullanmak suretiyle yepyeni ve bir o kadar da verimli bir genetik modifikasyon metodu gelistirildi. ve iste tam bir sene icerisinde oylesine yol katedildi ki bu teknigin kullanimi adina (pmid: 22745249, 23287718, 23287722, 23643243) bilim kurgu filmlerinde olsa bu gelisme, sinkaf ettirirdi bizlere "boylesine de uydurulmaz diye".
  
  ozetle, sayin eksi sozluk okurlari, ben bunca senelik genetik doktoru, evet ben marietouchet bu teknoloji onunde diz cokuyorum.
  
  gun gelecek hepimiz crispr/cas9 kullanacagiz.
• http://www.hurriyet.com.tr/planet/25063715.asp
• istediginiz hucrenin icerisindeki dna yi kafaniza gore hoplatip ziplatmanizi saglayan yontem. yani kabaca orada bir ansiklopedi ve sizin elinizdede daksil ve dolma kalem var. ha su an itibari ile biraz eliniz tiriyor daksili saga sola bulastiriyorsunuz ya da kalemle istemediginiz yerlere birseyler yaziyorsunuz, ama bu hatalar cok ender oluyor.
  
  eger ne yazmaniz gerektigini biliyorsaniz, bu teknoloji ile hulk da basarsiniz einstein de.
  
  http://infoproc.blogspot.com/…etic-engineering.html
  http://www.technologyreview.com/…51/genome-surgery/
• yetiskin bir farenin fenotipini duzeltmekte kullanilmis; ohannes
  http://www.nature.com/…/ncurrent/full/nbt.2884.html
  
  isi koch institute yapmis
• bugun yaptigim sey.
  
  bu basmakalip giris uzerine, "vallahi yaptim lan" diye devam etmek istiyorum. bir genin orijinal lokusuna tag knock-in yaptim fare kok hucrelerinde ve tag'le immunoprecipitation'im calisti bugun. eger metodla ilgili sorulariniz olursa bana sorabilirsiniz ama ben de suradaki protokolden yola ciktim; doi:10.1038/nprot.2013.143
  
  baslarda biraz ugrastirdi; ama sonra sorunumu cozdum. puromycin selection'a transfection'in 48'inci saatinde baslayin, o zaman daha cok koloni elde edersiniz.
• iki sene sonra gen susturmak için rnai kullanan kimse kalmayacak. crispr'ı yaklaşık bir aydır knock-out için kullanıyorum. memnunum memur bey. gerekli kaynaklara gecko'dan ulaşabilirsiniz.
• (bkz: nobel)
  
  (at fav'a bekle)
  
  not: ne bekleyecen lan 5-10 sene insan fav'mı bekler?
  
  6 sene sonra edit: öngörüm gerçekleşti. kendisini 6 sene önce oxford'da doktora öğrencisi iken dinlemistim.
• alinan patentiyle ve kim tarafindan kesfedildigiyle ilgili tartismalar bilim dunyasini kizistirmisa benziyor:
  
  the battle to control genome editing
• doudna ile charpentier ikilisi ve zhang arasinda patent savaslarina sebebiyet veren yuzyilin bulusu. gecen ay breakthrough prize almaya siksikidim giden doudna ve charpentier odullerini cameron diaz'in elinden alirken; feng zhang patent islerini bitirmis. simdi olayin soku ile ortaklik da bozulmus ve doudna, zhang ile beraber oldugu sirketten cekilmis. yalniz doudna'yi yillardir crispr disindaki calismalarindan takip etsem ve cok basarili ve zeki olduguna inansam da, zhang bu teknolojiyi cok farkli boyuta tasiyan birisi oldugu icin duruma sevinmedim desem yalan olur.
  
  gencler bu kisim size: gozunuz aydin tum hastaliklara care geliyor, bu kadar kavga dovus bu potansiyel ve onun getirecegi maddi kazanc icin. bakalim insan genomunu ilk kim kontrol edecek. ben 3 seneden daha once olacagini dusunuyorum ilk insan denemelerinin.
• denek arayan yeşillendirsin dediğim icat. fare mare bekleyemem olmuş bu.